Το ποδοσφαιρικό τμήμα του ΜΓΣ Εθνικός Αλεξανδρούπολης είναι από τα ιδρυτικά τμήματα του συλλόγου. Επιχειρώντας μια μικρή ιστορική αναδρομή, ο σύλλογος συμμετείχε από το 1928 στο πρωτάθλημα Επαρχιών της ΕΠΣ Μακεδονίας και στο τοπικό πρωτάθλημα της Θράκης, και από το 1947 στο πρωτάθλημα της νεοϊδρυθείσας τότε Ε.Π.Σ. Θράκης.
Τη δεκαετία του 1960 γίνονται οι πρώτες εμφανίσεις στις εθνικές κατηγορίες. Ειδικότερα το 1962 η ομάδα συμμετέχει στο ειδικό πρωτάθλημα ανόδου στην Α΄ Εθνική, το 1962-63 στην μόνιμη πια Β΄ Εθνική, το 1965-66 αναδεικνύεται πρωταθλήτρια στη Γ΄ Εθνική και το 1966-67 αγωνίζεται στη Β΄ Εθνική για δεύτερη φορά.
Από την περίοδο 1969-1970, ο Εθνικός Αλεξανδρούπολης συμμετέχει στο τοπικό πρωτάθλημα της νεοϊδρυθείσας τότε ΕΠΣ Έβρου. Επιπλέον καταγράφει ακόμα μια συμμετοχή στη Β΄ Εθνική την περίοδο 1973-74 και συνεχείς παρουσίες σε Γ΄ και Δ΄ Εθνική από το 1976 έως το 1995.
Το 1995 το ποδοσφαιρικό τμήμα εντάσσεται στην “Ένωση Θράκης”, που συμμετέχει στο Πρωτάθλημα Δ΄ Εθνικής τις περιόδους 1995-96 και 1996-97. Το 2001 ο Εθνικός επανενεργοποιηεί το τμήμα ποδοσφαίρου, και από το 2005 θα προσθέσει τρεις συμμετοχές στη Δ΄ και δύο στη Γ΄ Εθνική τις περιόδους 2014-15 και 2015-16.
Αξίζει να σημειωθεί ότι, στην ιστορία του ποδοσφαιρικού τμήματος του Εθνικού Αλεξανδρούπολης, πολλοί και σημαντικοί ποδοσφαιριστές στελέχωσαν την ομάδα αναφέροντας τον Ντέμη Νικολαίδη, τον Μαρίνο Ουζουνίδη και άλλους πολλούς.
Σήμερα, το ποδοσφαιρικό τμήμα του Εθνικού Αλεξανδρούπολης αριθμεί πάνω από 250 αθλητές και παρουσιάζει πολύπλευρη και ενεργή δράση. Συγκριμένα, διοργανώνει πλήθος από εκδηλώσεις και δραστηριότητες τόσο στον αθλητισμό όσο και στον πολιτισμό με εκπαιδευτικό, φιλανθρωπικό και αγωνιστικό χαρακτήρα.
Ο στόχος της διοίκησης του ποδοσφαιρικού τμήματος, σεβόμενη πάντα την μεγάλη ιστορία του συλλόγου, συνοψίζεται σε δύο κατευθύνσεις:
- Ανάδειξη μίας ακαδημίας ποδοσφαίρου όπου θα κυριαρχούν οι αρχές του ‘ευ αγωνίζεσθαι’ με εστίαση στην δημιουργία αθλητών με σωστές αρχές πλαισιωμένες από άρτιες και μοντέρνες τεχνικές κατευθύνσεις και υποδομές.
- Συγκρότηση μίας αντρικής ποδοσφαιρικής ομάδας με σεβασμό στην ιστορία του συλλόγου διατηρώντας άμεση και συνεχή σύνδεση με την ακαδημία και την πόλη μας πρεσβεύοντας πάντα τις αρχές του ‘ευ αγωνίζεσθαι’.
