Το 2013 ως ομάδα του Εθνικού Αλεξανδρούπολης και με έφορο του υγρού στίβου την Αλεξάνδρα Κατσιβαρδά, δημιουργείται για πρώτη φορά και η ομάδα υδατοσφαίρισης με προπονητή τον Νίκο Μαρινάκη, φοιτητή Μοριακής Βιολογίας από το Ρέθυμνο Κρήτης. Κολυμβητές με εμπειρία αλλά και παιδιά που ήθελαν να έρθουν σε επαφή με αυτό το άθλημα <<αγκαλιάζουν>> την προσπάθεια και οι πρώτες προπονήσεις είναι πλέον γεγονός.
Το 2014 είναι κομβικό για την εξέλιξη των δομών του Εθνικού Αλεξανδρούπολης στον υγρό στίβο. Στο άθλημα της υδατοσφαίρισης, με 17 αθλητές ο Αυγερινός Μεσινέζης, ο οποίος κατέχει και τη θέση του Τεχνικού Διευθυντή προχωρά στην δημιουργία τριών τμημάτων στις κατηγορίες, Μίνι παίδων, Παίδων και Εφήβων. Χρέη προπονήτριας στους Μίνι παίδες αναλαμβάνει η Νατάσα Βλάχου και στα τμήματα παίδων και εφήβων ο Γιάννης Πατσίδης. Προς το τέλος της σεζόν του 2014 άρχισε η συγκρότηση του Ανδρικού τμήματος και από την αρχή του 2015 άρχισε δειλά – δειλά να δημιουργείτε και γυναικείο τμήμα.
Η πρώτη επιτυχία στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα υδατοσφαίρισης δεν αργεί να φτάσει και έρχεται το καλοκαίρι της περιόδου 2015-2016. Το τμήμα των Μίνι παίδων καταφέρνει να διακριθεί ανάμεσα σε 75 ομάδες από ολόκληρη την Ελλάδα, κατακτώντας την 22η θέση στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα. Και ήταν μόνο η αρχή. Το Φεβρουάριο του 2017 στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα υδατοσφαίρισης το τμήμα των εφήβων καταφέρνει το μεγαλύτερο αθλητικό γεγονός στην υδατοσφαίριση για την Αλεξανδρούπολη. Σκαρφάλωσε στις 20 καλύτερες ομάδες της χώρας και παίρνει το εισιτήριο για την Δ΄ φάση και με αντίπαλο την κορυφαία ομάδα του ΝΟ Βουλιαγμένης.
Τα Θεοφάνια του 2017 ο αθλητής της υδατοσφαίρισης του Εθνικού Αλεξανδρούπολης Ηλίας Βαρελάς έπεσε με άλλους 20 στον καθιερωμένο Αγιασμό των υδάτων και έπιασε πρώτος τον Σταυρό στην Χιλή Αλεξανδρούπολης. Το Μάρτιο του 2017 ο Εθνικός συμπλήρωσε 90 χρόνια παρουσίας και προσφοράς στην τοπική κοινωνία. Τα τμήματα της υδατοσφαίρισης τίμησαν αυτήν την επέτειο διοργανώνοντας διεθνείς αγώνες με συμμετοχές εκτός από Ελλάδα,την Βουλγαρία και την Τουρκία. Τα Θεοφάνια του 2018 ο αθλητής της υδατοσφαίρισης του Εθνικού Αλεξανδρούπολης Σωτήρης Ουζούνης έπεσε με άλλους 25 στον καθιερωμένο Αγιασμό των υδάτων και έπιασε πρώτος τον Σταυρό στο λιμάνι της Αλεξανδρούπολης.
Και η ιστορία συνεχίζετε!
